主线列表：

1 云霄飞车杀人事件

2 董事长千金绑架事件

3 偶像密室杀人事件 // 冲野洋子登场

5 新干线大爆破事件 //漫画主线相关，但是动画被改了，也可不看

6 情人节杀人事件 // 铃木园子登场

35 山中绷带怪人杀人事件(上集)

36 山中绷带怪人杀人事件(下集) // 主线无关 但是过于精彩 唯一私货

44 江户川柯南诱拐事件

49 外交官杀人事件(上集) // 服部平次登场

50 外交官杀人事件(下集)

56 电玩公司杀人事件

59 福尔摩斯迷杀人事件(上集)

60 福尔摩斯迷杀人事件(下集)

78~79 柯南对怪盗基德 // KID登场

99 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件(一)

100 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件(二)

101 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件(三) // 山村警官登场

102 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件(四)

124 浪花连续杀人事件(上集) // 远山和叶、大泷警官、远山银司郎登场

125 浪花连续杀人事件(下集)

135 黑暗组织十亿元抢劫事件

136 黑暗组织来的女子 大学教授杀人事件(一) // 灰原哀登场

137 黑暗组织来的女子 大学教授杀人事件(二)

138 黑暗组织来的女子 大学教授杀人事件(三)

139 黑暗组织来的女子 大学教授杀人事件(四)

140 竞技场一视同仁胁迫事件(上集)

141 竞技场一视同仁胁迫事件(下集)

163 园子的危险夏日物语（前篇）// 京极真登场

164 园子的危险夏日物语（后篇）

172 飞天密室 工藤新一最初的事件(一)

173 飞天密室 工藤新一最初的事件(二)

181 黑暗中的死角(上集) // 新出医生登场

182 黑暗中的死角(下集)

190 与黑暗组织再次重逢(灰原篇)

191 与黑暗组织再次重逢(柯南篇)

192 与黑暗组织再次重逢(解决篇)

203 生死一瞬间 名侦探洞窟遇难记

204 生死一瞬间 名侦探负伤记

205 生死一瞬间 第三个选择

206 生死一瞬间 黑衣骑士

207 生死一瞬间 新一回来了

208 生死一瞬间 约定的地点

235 被召集的名侦探！ 工藤新一v.s.怪盗基德(一)

236 被召集的名侦探！ 工藤新一v.s.怪盗基德(二)

237 被召集的名侦探！ 工藤新一v.s.怪盗基德(三)

238 被召集的名侦探！ 工藤新一v.s.怪盗基德(四)

245 战斗游戏的陷阱(上集) // 茱蒂登场

246 战斗游戏的陷阱(下集)

249 神秘乘客(上集) // 赤井秀一登场

250 神秘乘客(下集)

265 网中谜(上集)

266 网中谜(下集) // 哀兰剧情

277 来自芝加哥的男人(上集) // 詹姆斯登场

278 来自芝加哥的男人(下集)

288 情人节的真相(事件篇)

289 情人节的真相(推理篇)

290 情人节的真相(解决篇)

291 犯罪的纪念品(上集)

292 犯罪的纪念品(下集)

293 情急之下的应变之道(上集)

294 情急之下的应变之道(下集)

299 英文老师v.s.关西名侦探(上集)

300 英文老师v.s.关西名侦探(下集)

306 中华街的雨中幻影(上集)

307 中华街的雨中幻影(下集)

308 工藤新一的纽约事件(事件篇)

309 工藤新一的纽约事件(推理篇)

310 工藤新一的纽约事件(解决篇)

323 恶意与圣者的游行(上集)

324 恶意与圣者的游行(下集) //与下面一集有关

326 撼动警视厅1200万名人质(一) // 松田阵平登场

327 撼动警视厅1200万名人质(二)

328 撼动警视厅1200万名人质(三)

329 撼动警视厅1200万名人质(四)

332 残留下来的无声证言(上集)

333 残留下来的无声证言(下集)

334 与黑色组织的接触(交涉篇)

335 与黑色组织的接触(追击篇)

336 与黑色组织的接触(决死篇)

358 相似的两位公主(上集)

359 相似的两位公主(下集)

360 东都现象所的秘密(上集)

361 东都现象所的秘密(下集)

363 四台保时捷(上集)

364 四台保时捷(下集)

365 隐藏在厕所中的秘密(上集)

366 隐藏在厕所中的秘密(下集)

371 与黑衣组织面对面对决 满月之夜的双重事件(一) // 主线高潮

372 与黑衣组织面对面对决 满月之夜的双重事件(二)

373 与黑衣组织面对面对决 满月之夜的双重事件(三)

374 与黑衣组织面对面对决 满月之夜的双重事件(四)

375 与黑衣组织面对面对决 满月之夜的双重事件(五)

376 找寻臀部上的记号(上集)

377 找寻臀部上的记号(下集)

405 星星与香菸的暗号(上集)

406 星星与香菸的暗号(下集) // 结尾注意

419 斯托拉帝巴力欧斯不协调的和音 前奏曲

420 斯托拉帝巴力欧斯不协调的和音 间奏曲

421 斯托拉帝巴力欧斯不协调的和音 尾奏曲

428 诡异宅院大冒险(封印篇)

429 诡异宅院大冒险(机关篇)

430 诡异宅院大冒险(解决篇)

432 诡谲家族的委托(上集)

433 诡谲家族的委托(下集)

434 满腹疑惑的小兰

455 银杏色的初恋(上集) // 阿笠博士的故事

456 银杏色的初恋(下集)

459 黑色冲击！ 组织之魔爪碰触的瞬间(一)

460 黑色冲击！ 组织之魔爪碰触的瞬间(二)

461 黑色冲击！ 组织之魔爪碰触的瞬间(三)

462 黑色冲击！ 组织之魔爪碰触的瞬间(四)

463 黑色冲击！ 组织之魔爪碰触的瞬间(五)

465 超机密的上学路(上集)

466 超机密的上学路(下集)

467 无法回头的两个人(上集) // 本堂瑛佑登场

468 无法回头的两个人(下集)

473 侦探团备受瞩目的采访(上集)

474 侦探团备受瞩目的采访(下集)

502 黑暗组织之影 小小的目击者

503 黑暗组织之影 奇妙的照明

504 黑暗组织之影 谜样的高额报酬

505 黑暗组织之影 珍珠的流星

512 工藤新一少年冒险(上集)

513 工藤新一少年冒险(下集)

527 黑色照片的下落(上集)

528 黑色照片的下落(下集)

536 服部平次v.s.工藤新一 滑雪场的推理对决(上集)

537 服部平次v.s.工藤新一 滑雪场的推理对决(下集)

538 红与黑的撞击 开端

539 红与黑的撞击 血缘

540 红与黑的撞击 惨叫

541 红与黑的撞击 冥土

542 红与黑的撞击 昏睡

543 红与黑的撞击 侵入

544 红与黑的撞击 觉醒

545 红与黑的撞击 搅乱

546 红与黑的撞击 伪装

547 红与黑的撞击 遗言

548 红与黑的撞击 嫌疑

549 红与黑的撞击 洁白

550 红与黑的撞击 决死

551 红与黑的撞击 殉职

554 卡拉OK包厢的死角(上集)

555 卡拉OK包厢的死角(下集)

556 红白黄色与侦探团 // 冲矢昴登场

557 柯南v.s.双重暗号之谜

558 推理对决 新一v.s.冲矢昴

570 杀人犯工藤新一(上集)

571 杀人犯工藤新一(下集)

572 新一的真实身分和小兰的眼泪(上集)

573 新一的真实身分和小兰的眼泪(下集)

574 真正想知道的事

575 憎恨的蓝色火花(上集)

576 憎恨的蓝色火花(下集)

593 鱼儿消失的一角岩(上集)

594 鱼儿消失的一角岩(下集)

608 危险的二人组

609 死亡之馆赤壁 三顾之礼 // 诸伏高明登场

610 死亡之馆赤壁 掌中之物

611 死亡之馆赤壁 孔明之死

612 死亡之馆赤壁 空城之计

614 侦探团v.s.抢匪团 骚动

615 侦探团v.s.抢匪团 沉默

629 引发危机的红色前兆

630 黑色13的暗示

631 步步逼近的黑色期限

632 摇曳的红色目标

667 福尔摩斯默示录 名侦探的弟子

668 福尔摩斯默示录 Love is 0

669 福尔摩斯默示录 撒旦

670 福尔摩斯默示录 Code break

671 福尔摩斯默示录 草地女王

672 福尔摩斯默示录 0 is start

697 幽灵饭店的推理对决(上集) // 世良真纯登场

698 幽灵饭店的推理对决(下集)

699 侦探事务所挟持事件 爆发

700 侦探事务所挟持事件 狙击

701 侦探事务所挟持事件 解放

702 柯南v.s.平次 东西侦探推理对决(上集)

703 柯南v.s.平次 东西侦探推理对决(下集)

704 毒与恨的设计 EYE // 米原樱子登场

705 毒与恨的设计 S

706 毒与恨的设计 Poison

707 毒与恨的设计 Illusion

708 博士的影音网站(上集)

709 博士的影音网站(下集)

719 婚礼前夕(上集) // 安室透登场

720 婚礼前夕(下集)

723 侦探们的夜想曲 案件

724 侦探们的夜想曲 诱拐

725 侦探们的夜想曲 推理

726 侦探们的夜想曲 波本

742 工藤优作的未解决事件(上集)

743 工藤优作的未解决事件(下集)

751 迫近灰原秘密的黑影(上集)

752 迫近灰原秘密的黑影(下集)

753 漆黑的神秘列车 发车

754 漆黑的神秘列车 隧道

755 漆黑的神秘列车 交叉

756 漆黑的神秘列车 终点

757 密室里的柯南

758 推理的波本

774 香甜冰冷的宅急便(上集)

775 香甜冰冷的宅急便(下集)

779 装满水果的宝箱(上集)

780 装满水果的宝箱(下集)

783 现场的邻居是前男友(上集) // 羽田秀吉登场

784 现场的邻居是前男友(下集)

786 茱蒂的回忆与赏花陷阱(上集)

787 茱蒂的回忆与赏花陷阱(下集)

791 小五郎在BAR(上集)

792 小五郎在BAR(下集)

793 小兰也昏倒的浴室(上集)

794 小兰也昏倒的浴室(下集)

807 红衣女的惨剧 水蒸气

808 红衣女的惨剧 恶灵

809 红衣女的惨剧 复仇

812 意外结局的爱情小说(上集)

813 意外结局的爱情小说(下集)

823 气氛僵硬的茶会(上集)

824 气氛僵硬的茶会(下集)

825 工藤新一水族馆事件(上集)

826 工藤新一水族馆事件(下集)

832 绯色的序章

833 绯色的追寻

834 绯色的交错

835 绯色的回归

836 绯色的真相

838 太阁之恋名人战(上集)

839 太阁之恋名人战(下集)

840 盛夏沉入泳池的谜(上集)

841 盛夏沉入泳池的谜(下集)

865 县警的黑暗(上集) // 黑田兵卫登场

866 县警的黑暗(中集)

867 县警的黑暗(下集)

869 博客女演员的密室事件(上集)

870 博客女演员的密室事件(下集)

891 关系恶劣的女子乐队(上集)

892 关系恶劣的女子乐队(下集)

904 结婚登记表的密码(上集)

905 结婚登记表的密码(下集)

908 樱花班的回忆(上集)

909 樱花班的回忆(下集)

916 与17年前一样的案发现场(上集)

917 与17年前一样的案发现场(下集)

918 灵魂侦探凶杀案(上集)

919 灵魂侦探凶杀案(下集)

921 背叛的舞台(上集)

922 背叛的舞台(下集)

933 试衣间的死角(上集)

934 试衣间的死角(下集)

936 涟漪上的魔法师(上集)

937 涟漪上的魔法师(下集)

940 在白罗咖啡厅解谜(上集)

941 在白罗咖啡厅解谜(下集)

944 新老师的骸骨事件(上集) // 若狭留美登场

945 新老师的骸骨事件(下集)

949 隔壁的江户式推理秀(上集) // 胁田兼则登场

950 隔壁的江户式推理秀(下集)

951 手部白皙的女人(上集)

952 手部白皙的女人(下集)

956 妃律师的求救讯号(上集)

957 妃律师的求救讯号(下集)

964 燃烧帐篷的怪物(上集)

965 燃烧帐篷的怪物(下集)

971 恋爱与推理的剑道大赛(上集)

972 恋爱与推理的剑道大赛(下集)

974 女子高中生3人组的秘密咖啡店(上集)

975 女子高中生3人组的秘密咖啡店(下集)

980 充满心意的手机吊饰(上集)

981 充满心意的手机吊饰(下集)

982 红色的修学旅行(鲜红篇上集)

983 红色的修学旅行(鲜红篇下集)

984 红色的修学旅行(恋红篇上集)

985 红色的修学旅行(恋红篇下集) // 某两人终于要修成正果啦

998 寻找玛丽亚(上集)

999 寻找玛丽亚(下集)

1009 充满谜团的鸡尾酒（上集）

1010 充满谜团的鸡尾酒（中集）

1011 充满谜团的鸡尾酒（下集）

1028 目标是警视厅交通部(一)

1029 目标是警视厅交通部(二)

1030 目标是警视厅交通部(三)

1031 目标是警视厅交通部(四)

1040 基德对高明 被盯上的嘴唇（上集）

1041 基德对高明 被盯上的嘴唇（下集）

1050 替身京极真（上集）

1051 替身京极真（中集）

1052 替身京极真（下集）

1060 36宫格的完美犯罪（上集）

1061 36宫格的完美犯罪（中集）

1062 36宫格的完美犯罪（下集）

名侦探柯南主线剧情一般指的是与黑衣组织相关的剧集，集数如下：

1集、云霄飞车杀人事件

2集、董事长千金绑架事件

3集、偶像密室杀人事件

4集、大都会暗号地图事件

5集、新干线大爆破事件

6集、情人节杀人事件

7集、每月一件礼物恐吓事件

14集、奇怪的寻亲杀人事件

33集、咖啡厅杀人事件

43集、卡拉OK厅杀人事件

44集、江户川柯南诱拐事件

49-50集、外交官杀人事件

51集、图书馆杀人事件

53-54集、雾天狗传说杀人事件

56集、电玩公司杀人事件

59-60集、福尔摩斯迷杀人事件

78-79集、柯南VS怪盗基德

99-102集、走投无路的名侦探！连续两大杀人事件

124-125集、浪花连续杀人事件

135集、黑衣组织10亿元抢劫事件

136-139集、来自黑衣组织的女子集、大学教授杀人事件

140-141集、竞技场无差别胁迫事件

172-173集、飞天密室集、工藤新一最初的事件

181-182集、黑暗中的死角

190-192集、与黑衣组织的再会

203-208集、危命的复活

209-210集、意味深长的八音盒

235-238集、被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德

241-243集、人鱼失踪记

245-246集、格斗游戏的陷阱

249-250集、神秘的乘客

261集、元太的灾难

265-266集、陷入网中的谜团

272-273集、本厅刑事恋爱物语4

277-278集、来自芝加哥的男子

291-292集、犯罪的遗物

293-294集、急忙掩饰的忽略

299-300集、英语教师VS西部名侦探

301-302集、疯狂足球迷

306-307集、中华街集、雨中的似曾相识

308-310集、工藤新一纽约事件

311-312集、光彦森林迷失记

332-333集、遗留的无声证言

334-336集、与黑衣组织的接触

354-355集、金钱买不到的友情

360-361集、东都显影所的秘密

363-364集、四辆保时捷

365-366集、厕所里隐藏的秘密

369-370集、便利商店的陷阱

371-375集、与黑衣组织直面对决集、满月之夜的双重谜案

376-377集、寻找屁股上的印记

392-393集、帝丹高中校园灵异事件

402-403集、沉默的航线

405-406集、星星和香烟的暗号

419-421集、斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音

428-430集、奇异屋宇大冒险

432-433集、奇妙一家的委托

434集、心存疑惑的小兰

435-436集、珠宝强盗现行犯

459-463集、黑色冲击！组织魔爪伸来的瞬间

465-466集、充满神秘的上学路

467-468集、回不去的二人

502-505集、黑衣组织的影子

512-513集、工藤新一少年时的冒险

519-522集、和服部平次共度的3天

527-528集、黑色照片的去向

538-551集、红与黑的碰撞

554-555集、卡拉OK包房的死角

556集、红白黄色与侦探团

557集、柯南VS双重暗号之谜

558集、推理对决！新一VS冲矢昴

564-566集、风林火山

570-571集、杀人犯集、工藤新一

572-573集、新一的真实身份与小兰的眼泪

574集、真正想问的事

575-576集、憎恨的蓝色火花

593-594集、鱼儿消失的一角岩

609-612集、死亡之馆集、赤壁

614-615集、侦探团VS强盗团

629集、召唤危机的红色前兆

630集、黑与13的暗示

631集、逼近的黑色时刻

632集、红色的摇摆目标

667-672集、福尔摩斯的默示录

673-674集、紧急事态252

697-698集、幽灵旅馆的推理对决

699-701集、侦探事务所受困事件

702-703集、柯南VS平次集、东西侦探推理对决

708-709集、博士的视频网站

719-720集、婚礼前夕

723-726集、侦探们的夜想曲

727-728集、一丁点都不原谅

733-735集、以性命为赌注的恋爱转播

736-737集、泡沫、蒸汽和烟

742-743集、工藤优作未解决的事件

751-752集、逼近灰原秘密的暗影

753-756集、漆黑的特快列车

757集、密室中的柯南

758集、解谜的波本

774-775集、香甜冰冷的快递

776-777集、怪盗基德与赤面人鱼

?

779-780集、装满水果的宝箱

783-784集、现场的邻居是前男友

786-787集、茱蒂的追忆与赏花的陷阱

791-792集、小五郎在酒吧里

793-794集、小兰也倒在浴室里了

797-798集、嫌疑人是京极真吗

807-809集、赤女的惨剧

812-813集、结局惊人的恋爱小说

823-824集、气氛僵硬的茶会

825-826集、工藤新一水族馆事件

832集、绯色的序章

833集、绯色的追寻

834集、绯色的交错

835集、绯色的回归

1、第1集云霄飞车杀人事件（黑衣组织—琴酒、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开，柯南登场）

2、第2集董事长千金诱拐事件（阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）

3、第13集奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）

4、第43集江户川柯南诱拐事件（父母知道变小）

5、第48集外交官杀人事件（上集）

6、第49集外交官杀人事件（下集）（服部平次登场，工藤新一第一次恢复）

7、第54集电玩公司杀人事件（龙舌兰出现，被炸死）。